智恩寺は丹後国の国府や守護所などの位置する府中の近くにあって、応仁の乱を始めとする戦国時代の兵火に度々遭ったためか、室町時代以前の古文書は残され ていません。今日に残る古文書は桃山時代になって、織田信長の命を受けて天正8年（1580）に明智光秀とともに丹後国を平定した細川藤孝（幽斎）・忠興 （三斎）父子の発給になるものがもっとも古い時代のものです。